Das Abwasser der Gemeinde Bondorf wird der Sammelkläranlage des Abwasserzweckverbandes Bondorf - Hailfingen auf Markung Hailfingen zugeleitet und gereinigt. Die Kläranlage wurde in den Jahren 1973/74 erbaut und in den Jahren 1995 bis 1999 grundlegend erneuert. Sie verfügt über eine mechanische und biologische Reinigungsstufe sowie 2 Speicherbehälter zum Zwischenspeichern des beim Reinigungsprozess anfallenden Klärschlamms.
Im Jahr 2004 wurde die 3. Reinigungsstufe in Form einer Membranfiltrationsanlage zur weiteren Reinigung des Abwassers in Betrieb genommen. Dies wurde aufgrund strenger Einleitungsbestimmungen, wegen der Lage der Kläranlage im Wasserschutzgebiet 2 A, der stattlichen Wasserwirtschaft gefordert. Das gereinigte Wasser wird dann in den Kochartgraben eingeleitet.